Sus investigaciones más conocidas son las de la antigua concepción del cuerpo humano y de las distintas almas que lo componen; las de la naturaleza del mito mesoamericano; las de la creación del mundo, y las de la geometría y el funcionamiento cósmicos. En sus trabajos refleja su interés por entender la cultura mesoamericana desde la propia visión indígena.

Obras principales

Libros

La constitución real de México-Tenochtitlan (1961)

Con León Cadogan, La literatura de los guaraníes (1965)

Juegos rituales aztecas (1967)

Augurios y abusiones (1969)

Textos de medicina náhuatl (1971)

Hombre-dios. Religión y política en el mundo náhuatl (1973)

Con Edmundo O’Gorman y Josefina Vázquez de Knaut, Un recorrido por la historia de México (1975)

Cuerpo humano e ideología. Las concepciones de los antiguos nahuas (1980)

Tarascos y mexicas (1981)

Con Dúrdica Ségota Tómac, Guía de estudio México Prehispánico (1984)

La educación de los antiguos nahuas (1985)

Una vieja historia de la mierda (1988)

Con Carlos Martínez Marín y José Rubén Romero Galván, Teotihuacan (1989)

Los mitos del tlacuache. Caminos de la mitología mesoamericana (1990)

El conejo en la cara de la Luna. Ensayos sobre mitología de la tradición mesoamericana (1994)

Tamoanchan y Tlalocan (1994)

Con Leonardo López Luján, El pasado indígena (1996)

Breve historia de la tradición religiosa mesoamericana (1999)

Un día en la vida de una partera mexica (1999)

Con Leonardo López Luján, Mito y realidad de Zuyuá. Serpiente Emplumada y las transformaciones mesomericanas del Clásico al Posclásico (1999)

Con Luis Millones, Dioses del Norte, dioses del Sur. Religiones y cosmovisión en Mesoamérica y los Andes (2008)

Con Leonardo López Luján, Monte sagrado – Templo Mayor (2009)

Calpulli. Mitología de Mesoamérica [Antología y edición en japonés por Tetsuji Yamamoto y Aito Shinohara] (2013)

Libros como editor o coordinador

Rafael Sandoval, Arte de la lengua mexicana (1965)

Con Josefina García Quintana, Fray Bernardino de Sahagún, Historia general de las cosas de Nueva España (1982)

Con Andrés Medina y Mari Carmen Serra, Origen y formación del estado en Mesoamérica (1986)

Con Xavier Noguez, De hombres y dioses (1997)

Con Alessandro Lupo, La cultura plural. Reflexiones sobre diálogos y silencios en Mesoamérica. Homenaje a Italo Signorini (1998)

El modelo en la ciencia y en la cultura (2005)

Con Luis Millones, Animales de Dios (2012)

Con Luis Millones, Cuernos y colas. Reflexiones en torno al Demonio en los Andes y en Mesoamérica (2013)

Distinciones

Beca Guggenheim, Guggenheim Foundation, Nueva York, Estados Unidos (1976)

Premio del Comité Mexicano de Ciencias Históricas por mejor artículo o mejor reseña del año (1992, 1997 y 2007)

Iichiko Prize for Cultural Studies, Institute for Intercultural & Transdisciplinary Studies, Tokio, Japón (1993)

Premio Universidad Nacional, UNAM, ciudad de México, México (1993)

Reconocimiento al trabajo, XXIX Congreso Internacional de Americanística, Perugia, Italia (2007)

Medalla y diploma del Senado de la Universidad de Varsovia, Varsovia, Polonia (2008)

Linda Schele Award, The University of Texas at Austin, Austin, Estados Unidos (2011)

H.B. Nicholson Medal for Excelence in Mesoamerican Studies, Harvard University, Cambridge, Estados Unidos (2011)

Reconocimiento a Alfredo López Austin, Université de Bretagne Occidentale, Brest, Francia (2011)

The Tlamatini Award, The Art History Society y California State University, Los Ángeles, Estados Unidos (2012)